Analiza skał i minerałów to istotny element nauk akademickich szczególnie w dziedzinie geologii i paleontologii, ale także przemysłu – od naftowego po związany z przetwórstwem minerałów. W nauce do najczęstszych należą: badania próbek skalnych, mineralnych i mikropaleontologicznych oraz znaków zachowanych w skałach. W przemyśle badania pomiarowe wykonuje się w szczególności w produkcji ropy naftowej i wieli typowych materiałów, takich jak szkło.
Mikroskopy stosowane w dziedzinie badania minerałów, rud i betonu to najczęściej: mikroskop optyczny z wykorzystaniem obserwacji jasnego pola, polaryzacyjny i stereoskopowy. Zazwyczaj beton, kruszywa, rudy metali, kamienie i minerały przemysłowe bada się na bazie polerowanych cienkich „plastrów”.
Podczas gdy oświetlenie EPI można stosować do badania rud tlenku i siarczkowych, oświetlenie UV jest idealne do analizy konkretnych części zaimpregnowanych barwnikiem fluorescencyjnym. Stosuje się to między innymi celu określenia porowatości cementu, co pozwala na weryfikację stosunku wody do cementu w betonie. Porównując te dane z danymi modalnymi (proporcje kruszywa, piasku, spoiwa i porowatości) możliwe jest projektowanie mieszanki betonu.
